Hidrojen Döngüsü, Hücrelerde nükleik asitlerin enerji aktarımına yardımcı olan adenozin trifosfat (ATP) molekülünde, dişlerin yapısında, hücre zarında ve kemiklerin yapısında bulunmaktadır. Hidrojen döngüsü diğer elementler gibi doğal bileşikler halinde bulunmaktadır. Ancak bu bileşikler su içinde hiç de kolay çözünmezler. Hidrojen bileşikleri özellikle de hayvansal, kemik, kabuk, kemik ve doğal kayaçlarda bulunmaktadır.
Bu bileşikler sülfirik asit ve nitrat asit gibi bazı bileşikler ile reaksiyona girer. Su içinde kolay, kolay çözünemeyen hidrojenli bu bileşikler bu yol ile çok kolay çözünür. Oluşan bu fosfat tozları bitkiler tarafından absorbe edilir. Bitkilerin hayvanlar tarafından besin olarak yenilmesi ile hidrojende dolaylı yoldan hayvanlara geçmiş olur. Hidrojen organizma artıkları ile toprağa geçer veya çözünmeyen bileşikler biçiminde kabuk, kemik ve diş yapısına katılmaktadırlar.